生信技能树的R语言视频-P8 任意基因任意癌症表达量分组的生存分

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网页工具做生存分析：OncoLnc. 网址：http://www.oncolnc.org/

任意基因任意癌症表达量分组的生存分析

进入OncoLnc网站，如下图输入感兴趣的基因

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如下图所示，可以看到这个BRCA1这个基因在左侧栏中的癌症种类中的Cox regression结果

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在下面生成生存分析图，logrank p-value10的-6次方，显著

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点击click Here可以下载数据，自己可以在R中下载。

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下载的文件LGG_672_50_50.csv读进Rstudio里面。

用包ggstatplot画图，据说这个包是能画出非常好看的图图，所以很有必要后期在继续学习

a <- read.table('LGG_672_50_50.csv',header = T,sep=',',fill = T)
colnames(a)
dat <- a
library(ggstatsplot)
ggbetweenstats(data=dat,x=Group,y=Expression)       

image-20191207165732288

用ggplot2绘图包进行绘图

ggplot(dat,aes(x=Group,y=Expression))+
       geom_point()

image-20191207170025765

同样是ggplot绘图包，加颜色的话仅仅是在aes后面加了函数color = Group

library(ggplot2)

ggplot(dat,aes(x=Group,y=Expression,color = Group))+
       geom_point()

image-20191207170808447

另一个绘图包ggpubr

library(ggpubr)
p2 <- ggboxplot(dat, x = "Group", y = "Expression",
                color = "Group", palette =c("#00AFBB", "#E7B800"),
                add = "jitter")
p2

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library(survival)
library(survminer)
table(dat$Status)
dat$Status=ifelse(dat$Status=='Dead',1,0)
sfit <- survfit(Surv(Days,Status)~Group, data=dat)
sfit
summary(sfit)
ggsurvplot(sfit,conf.int = F,pval = TRUE)

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