正则表达式是我们认识世界的哲学
原创 果子学生信 正则表达式是我们认识世界的哲学
首先我回答了一个学员的提问，
有些GEO平台的探针转换比较麻烦
然后我为了使代码更加简洁，问了洲更一个问题，
如何获取括号中的内容，但不要返回括号。
我为什么这么问，因为我知道perl语言里面的正则表达式是可以实现这个功能的，而我曾经学过两个星期的perl语言。
这是他的回答，大概时间就是1个小时之内，包括了写帖子的过程。所以江湖人称“日更小王子”，更新速度极快。
【答果子问】R语言如何用正则表达式提取特定的字符串
看了回答，深刻的理解了这句话，
正则表达式是我们认识世界的哲学
决定把代码再精简一点。
观察之后总结模式
string = "Homo sapiens intraflagellar transport 80 homolog (Chlamydomonas) (IFT80), mRNA"
以这个为例，他里面有两个括号，我们要观察他，然后再把它抽象模式化。
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我们必须到找到一对括号，而且这个括号需要在逗号之前。
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因为括号是元字符，需要斜杠来转译，而斜杠也是元字符，需要另外一个斜杠来转译。
现在这个模式可以写成这个样子
pattern = "\\(\\),"
那么找到了括号，这个括号里面是要有东西的，内容就是大小写字母和数字的结合[A-Za-z0-9]，而且数量不限，所以，这个模式就变成了这样，* 符号代表是0或者多个
pattern = "\\([A-Za-z0-9]*\\),"
其中，我们想要把括号中的内容[A-Za-z0-9]*单独提取出来，那么需要给他增加一对括号，我们的模式就定型了
pattern = "\\(([A-Za-z0-9]*)\\),"
测试结果
现在可以测试一下stringr包中的str_view函数可以可视化匹配的结果
str_view(string,pattern)
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使用str_match函数来匹配
str_match(string,pattern)
image
我们需要的括号内的内容在第二列，如果str_match中没有额外的括号，结果只会是一列
str_match(string,pattern)[,2]
[1] "IFT80"
既然我们明确地定义了做一件事情的步骤，那么我们就可以批量做。
library(dplyr)library(stringr)probeGenesymbol <- GPL4381 %>% # 增加一个新的列gene_symbol，这个列获取了括号中的内容 mutate(gene_symbol = str_match(.$GB_DEFINITION,pattern)[,2]) %>% # 过滤掉gene_symbol为空的行 filter(gene_symbol != "") %>% # 选出需要的列 select(ID,gene_symbol,GB_DEFINITION)
现在这个代码足够简洁，更重要的是，我们升级了匹配模式，正则表达式就像眼睛一样，戴不戴世界就在那里，不增不减，但是戴上后，细节更多了，此时我们获得了跟多的结果，总共11399行。
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既然开始接触字符串的处理以及正则表达式，我会系统地学习一下R语言的爬虫，把这两者更好地结合起来。
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