折腾了一下午才把那个官方文档重现出来,哎,真是醉了!
首先我看到是这个网站GitHub - JonathanShor/DoubletDetection: Doublet detection in single-cell RNA-seq data.,跟着官方大致读了一遍,然后看到了实例有个juputer notebook的文档Jupyter Notebook Viewer,就跟想着着来一遍,最初想着不用jupyter notebook了,用自己的pycharm就好,结果问题来了,import matplotlib.pyplot as plt疯狂报错,照着各种方法改都不行,总是说Backend Qt5Agg is interactive backend. Turning interactive mode on。
无奈转用jupyter notebook,照着复制粘贴,想着没问题了,结果第五个模块疯狂报错,说开始时没有igraph,用pip安装之后依旧不行,想着换回pycharm,依旧卡在第一个问题,后来发现能通过mpl.use('TkAgg')解决(ps:我后来画图需要Qt5Agg,我是可以再切换回来的,说明我有这个组件,但声明的时候就是不行,也是醉了,jupyter notebook上倒是没出现这个问题,也许是pycharm的锅吧!)之后继续复制,依旧卡在第五个模块,把源代码里照个提示igraph改成jgraph还是不行,后来看来很多才发现怎么解决,方法原因如下:
pip自动安装的有两个包,igraph和python_igraph,再import时会造成混乱,我们只需要第二个,而且第二个pip install无法创建wheel,建议通过以网址https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/直接搜索下载,手动安装即可。
1、pip uninstall igraph
2、下载需要的文件
3、pip install python_igraph-0.7.1.post6-cp37-none-win_amd64.whl
问题解决
可能还会缺其他包,方法同上。
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