很久没更新过简书的文章了，今年到目前为止，这是第三篇简书文章，实在是惭愧。
最近周末得空，就借助CCLE公开数据，在自己服务器上搭建了一个数据检索与可视化网站。所有数据均来自CCLE，一个集肿瘤细胞基因表达、甲基化、基因突变，拷贝数变异的网站。
CCLE首页
下面就介绍下我的这个数据库网站: CCLESearch。首先进入网站的欢迎界面，包括三块：【HOME】，【SEARCH】，【RESULT】。
-
【HOME】界面是CCLE中涉及到的癌症类型，目前有30多种。
在【HOME】界面，通过点击选择一种细胞类型，进入到【RESULT】界面
欢迎界面
-
【RESULT】 为某一类特定癌症细胞系的：Mutation，CNV和RNAseq结果
突变数据
目前关于突变数据可视化这块，略微有点丑，后续如果有时间会参考COSMIC这个数据库，对结果的可视化进行优化。
突变样本与基因概览
-
【SEARCH】搜索某个细胞系的Mutation，CNV、RNAseq以及该细胞系的描述
搜索界面
点击Search即可对该细胞系进行查找
细胞系描述
好吧，以上就是这个软件的用法，十分简单。此外，还可以对检索结果进行下载csv，excel格式等。其实它的优势应该更多体现在可视化展示方面，这样一目了然，视觉上看起来也舒服些，后续会继续更新~
网友评论