美文网首页
R: calculate prevalence

R: calculate prevalence

作者: 胡童远 | 来源:发表于2022-11-15 15:32 被阅读0次

统计丰度>0.0001的细菌的出现率
target="China"
tmp=df[which(df$Country==target),]
n_row=nrow(tmp)
rate=c()
for(i in 3:529)
{
    rate=c(rate, nrow(tmp[tmp[,i]>0.0001,])/n_row)
}
out_china=data.frame(Country=rep("China",527),
                     Genome=colnames(tmp)[3:529],
                     Prevalence=rate)

相关文章

网友评论

      本文标题:R: calculate prevalence

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/ipldxdtx.html