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2021-01-04遗传图谱VS物理图谱

2021-01-04遗传图谱VS物理图谱

作者: 麦冬花儿 | 来源:发表于2021-01-05 09:05 被阅读0次

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    ### 遗传图谱比较或者遗传图和物理图谱比较

    今天在Bioinformatics杂志上看到一篇关于遗传图谱之间比较的文章,感觉不错,特介绍如下。

    题目是:The Genetic Map Comparator: a user-friendly application to display and compare genetic maps

    PMID: 28073759 DOI: 10.1093/bioinformatics/btw816

    但暂时看不到其论文。但是软件还是可以下载安装或者在在线使用也可以。

    网址:http://www.agap-sunshine.inra.fr/genmapcomp/

    当然也可以下载安装,然后在本地运行

    命令如下

    install.packages(shiny)

    library(shiny)

    runGitHub("GenMap-Comparator","holtzy")#会自动下载和安装所需要的包

    图谱输入文件格式如下:第一列为染色体名称 第二列为标记名称 第三列为标记的遗传距离或者物理距离。

    LG1 marker_52  0

    LG1 marker_23  29.4

    LG1 marker_18  31.2

    LG1 marker_8    40.5

    LG2 marker_12  0

    LG2 marker_3    3.3

    LG2 marker_98  4.6

    LG2 marker_72  10.8

    画一些相关图还是挺方便的,但就是太丑了,只有一张勉强可以在发文章时使用,其余必须重画。

    贴一些图让大家看看。

    这个图,点太大了

    这个勉强还可以用

    这个图丑爆了

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