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### 遗传图谱比较或者遗传图和物理图谱比较
今天在Bioinformatics杂志上看到一篇关于遗传图谱之间比较的文章,感觉不错,特介绍如下。
题目是:The Genetic Map Comparator: a user-friendly application to display and compare genetic maps
PMID: 28073759 DOI: 10.1093/bioinformatics/btw816
但暂时看不到其论文。但是软件还是可以下载安装或者在在线使用也可以。
网址:http://www.agap-sunshine.inra.fr/genmapcomp/
当然也可以下载安装,然后在本地运行
命令如下
install.packages(shiny)
library(shiny)
runGitHub("GenMap-Comparator","holtzy")#会自动下载和安装所需要的包
图谱输入文件格式如下:第一列为染色体名称 第二列为标记名称 第三列为标记的遗传距离或者物理距离。
LG1 marker_52 0
LG1 marker_23 29.4
LG1 marker_18 31.2
LG1 marker_8 40.5
LG2 marker_12 0
LG2 marker_3 3.3
LG2 marker_98 4.6
LG2 marker_72 10.8
画一些相关图还是挺方便的,但就是太丑了,只有一张勉强可以在发文章时使用,其余必须重画。
贴一些图让大家看看。
这个图,点太大了
这个勉强还可以用
这个图丑爆了
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