Maestro使用

1. 蛋白准备

• 蛋白从pdb数据库下载
• 下载pdb格式文件

2. 小分子从pubchem或者zinc数据库下载

• 小分子下载sdf或者mol格式文件都可以

3.打开薛定谔软件，导入pdb文件

4. 蛋白前处理

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点击Preprocess

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点击 add missing side chains

然后运行之后再次点击ok，再次回到这个界面，点击Refine

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出现如下界面：
点击optimize

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在点击去水
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选择OPLS_2005, 然后点击Minimize

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5. 单个小分子直接默认处理就行

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红框注意保持一致

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6. 对接开始
   点击Docking下面的Grid Generation

   
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   定义对接位点，选好之后点击run

   
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   点击grid docking
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   选好之后，点击Run
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