sort配合awk对 GTF文件进行重新排序

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如果你也打算在 hg19的 GTF 文件里添加 tRNA和 rRNA 的数据。

首先，tRNA 数据可以在GENCODE的 GRCh38.p10版本中下载Predicted tRNA genes。

其次，rRNA 的5s 5.8s 28s 18s 来自https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosomal_RNA的前四个Reference。

使用 cat 命令可以合并两个 GTF 文件

cat A B > C

不过 GTF 往往必须经过排序才可以使用。比对hg19的 GTF发现其 GTF 格式先按照染色体排序，然后相同的染色体又对 Start position，也就是第四列进行排序。

通过使用sort配合awk可以简单的实现对 GTF 文件的排序。下面是我的代码

cat A.gtf | awk -F '\t' -v OFS=',' '{$1=$1;print}' | sort -t, -k1,1 -k4,5n | awk -F ',' -v OFS='\t' '{$1=$1;print}' > A.sorted.gtf &

注意：请确保你的 GTF 文件是 tab 键分隔，否则请改变 awk 的分隔符参数-F

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