2021年1月12日，广东省科学院微生物研究所朱红惠课题组的刘阳博士在International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology上发表了题为Roseibium litorale sp. nov., isolated from a tidal flat sediment and proposal for the reclassification of Labrenzia polysiphoniae as Roseibium polysiphoniae comb. nov.的论文。刘阳博士在研究广东省珠海市淇澳岛沿岸环境好氧不产氧光合细菌的系统多样性和地理分布的过程中分离获得一株潜在新种细菌。基于16S rRNA基因系统进化分析、基因组比较分析、表型特征及化学分类学特征比较，鉴定该菌株为Roseibium属新种，命名为Roseibium litorale sp. nov.（海岸带玫瑰色菌），模式菌株为4C16AT（= GDMCC 1.1932T = KACC 22078T）。此外，该研究将分类地位有误的两个近缘物种Labrenzia polysiphoniae和‘Labrenzia callyspongiae’重新归类为Roseibium polysiphoniae和Roseibium callyspongiae。
具体内容如下：
1. 基因型特征鉴定
该研究获得了菌株4C16AT的16S rRNA基因和基因组序列（图1A和1C），两者的系统发育分析表明：菌株4C16AT分类上属于Roseibium属，与Roseibium suaedae具有最近的亲缘关系，但形成了独立分枝（图1A和1B）。菌株4C16AT和近缘菌株的dDDH和ANI值为28.6%和85.0%，低于70%的dDDH和95~96%的ANI对应的种分类阈值。这些结果表明：菌株4C16AT属于Roseibium属的一个基因型新种。
图1 菌株4C16AT和近缘参考菌株基因型特征比较
A：16S rRNA基因系统发育树；B：基因组序列系统发育树；C：基因组特征。
2. 表型特征鉴定
菌株4C16AT的菌落在MA培养基呈白色、光滑（图2A）；细胞革兰氏染色呈阴性，杆状、无鞭毛（图2B）。它的最适生长温度、pH和NaCl浓度（w/v）及范围分别是28°C和10 ~ 40°C、6.0 ~ 7.0和5.0 ~ 10.0、1%和0~6%。它的碱性磷酸酶、酸性磷酸酶和脲酶阳性；分解七叶苷、利用葡萄糖和阿拉伯糖等。它的脂肪酸主要成分是Summed feature 8，极性脂包括DPG、PC、PE、PG和PME，呼吸醌包括Q-9、Q-10。这些结果表明：菌株4C16AT的化学分类学特征与Roseibium属特征一致，但它的形态特征、生长特性、酶活谱、底物利用谱与近缘参考菌株存在明显不同（图2C）。
图2 菌株4C16AT和近缘参考菌株表型特征的比较
A：菌落形态；B：细胞形态；C：表型特征。
3. 近缘物种重新分类
基于多相分类学鉴定，该研究发现4C16AT的两个近缘物种Labrenzia polysiphoniae和‘Labrenzia callyspongiae’的分类地位有误（图1和2）。因此，该研究重新分类了前者并命名为Roseibium polysiphoniae，目前已在LPSN（https://lpsn.dsmz.de/species/roseibium-polysiphoniae）收录。后者虽有效发表，但未合格发表，该研究建议重新分类后者并命名为Roseibium callyspongiae，也已在LPSN（https://lpsn.dsmz.de/species/roseibium-callyspongiae）收录。
4. 物种命名及保藏信息
该研究命名的新物种为Roseibium litorale，中文译名为海岸带玫瑰色菌，模式菌株为4C16AT，分别保藏于广东省微生物菌种保藏中心（GDMCC 1.1932T）和韩国农业微生物菌种保藏管理中心（KACC 22078T），目前已在LPSN（https://lpsn.dsmz.de/species/roseibium-litorale）收录。
作者邮箱：liuhaolin3@163.com
编辑∣冯曾威
审核∣姚青、冯广达
广东省微生物菌种保藏中心-华南农业大学园艺学院土壤微生物组联合团队
网友评论