chapter17-18 不同版本基因组转化的软件crossma

转换不同匹配基因组的工具crossmap

# -y表示yes
conda install crossmap -y
CrossMap.py

#使用时先从UCSC获取转换工具文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz
#下载需要转换的文件
wget http://data.biostarhandbook.com/data/ucsc/test.hg19.bed
#进行转换
CrossMap.py bed hg19ToHg38.over.chain.gz test.hg19.bed test.hg38.bed

2018年NCBI对请求速度进行了限制，为防止超过请求频率，可以使用sleep命令，sleep -1休眠一秒

ls -l | (sleep 1 && wc -l)

使用efetch下载

#下载pcdha1基因序列，先在NCBI搜索序列号，NM_018900
efetch -db=nuccore -id=NM_018900 -format=fasta > pcdha1.fa