2018-04-16 宏基因组实战（二）—qiime2-2018

在学习宏基因组的过程中，这个大神的中文翻译可以让你快速上手https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78407438

在实践操作中，还是要针对自己个案做一些调整。
我现在得到的一批数据，下机已经分装拆分好了，所以可以直接导入

首先先说一个坑

由于样品很多，如果公司给你的样品有问题，那你后面分析不下去，可能会一直找不到原因，我就是遇到了这么一个问题，公司给的原始数据，里面的样品中，竟然有几个双端测序的read1 和 read2重复了，我一开始不知道，导入数据分析到后面dada2一直进行不下去，或者就是分析结构很差，找半天原因也找不出来，去论坛提问也没有答案，找了一周才发现，运来read1 和read2竟然重复了。

所以我用python自己编了一个脚本，可以检查下机数据是否重复。

def splitline(input):
    return input.split()

address = input("输入文件路径")
f = open(address)
print("文件名和绝对路径：" + f.name + "\n")

print("以下显示RawData中相同的项：\n")


dic = {}
i = 0
for line in f.readlines():
    line = line.strip()
    splitlines = splitline(line)
    dic[splitlines[1]] = splitlines[0]
        
counter = Counter(dic.values())


for item in counter:
    if counter[item] > 1:
        same = item
        i = i + 1


        match_data = {}

        for (key, value) in dic.items():
            if value.startswith(same):
                match_data[key] = value

        print(match_data) ```




        
        
print("\nRawdata中共有"+str(len(dic))+"项")        
print("\n总共有"+ str(i) + "个重复项")

这个脚本是在命令行的，我在 jupyter notebook 中也编了一个，测试可行

显示相同的项

代码不是很完美，但是可以用哈。

开始准备导入

导入方式有很多，看你的初始数据是啥,具体可以看官网：
https://docs.qiime2.org/2018.2/tutorials/importing/

我主要用的是“Fastq manifest” formats 的格式导入数据

直接先看命令：
创建环境

source activate qiime2-2018.2

导入数据

qiime tools import
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]'
--input-path pe-33-manifest.txt
--output-path paired-end-demux.qza
--source-format PairedEndFastqManifestPhred33

1. 选择你的数据格式，我这里是双端测序数据
2. pe-33-manifest.txt 是自己制作的一个文件，告诉程序导入的内容和地址
3. paired-end-demux.qza 是生成已经分装好的数据
4. 一般来说都选33 ( 官网是这么说的，当然也有可能是64）

PairedEndFastqManifestPhred33
In this variant of the fastq manifest format, there must be forward and reverse read fastq.gz / fastq files for each sample id. As a result, each sample id is represented twice in this file: once for its forward reads, and once for its reverse reads. This format assumes that the PHRED offset used for the positional quality scores in all of the fastq.gz / fastqfiles is 33.

pe-33-manifest.txt 的格式

格式

三列 第一列是样品名 第二列是路径 第三列是告诉程序是正向还是反向

导入成功

导入成功之后，就可以后续分析了

导入成功

new 是一个装原始数据的文件夹