美文网首页工作生活
生信分析平台搭建(二十):常见问题

生信分析平台搭建(二十):常见问题

作者: 基因学苑 | 来源:发表于2019-07-04 09:53 被阅读0次

手把手教你生物信息分析平台搭建系列专栏到这里就全部结束了,可能一次很难照着文章完成所有的操作,这很正常,需要多操作几次。由于每个人的情况都不同,可能会出现各种各样的问题,不过不要害怕,每解决一个问题,技能就提升一步。

二十五:基本配置

1、virtualbox无法安装成功

这个一般计算机设备不会有太大问题,首先要确保系统版本为64位,其次,CPU开启虚拟化,这样基本上就可以了。

2、共享文件夹设置不成功

虚拟机很多功能严重依赖virtualbox tools增强功能,在使用共享粘贴板,共享文件夹的时候,首先需要确保增强工具安装成功。

另外,设置完共享文件夹之后,默认只有root账户可以使用,如果想让更多账户使用共享文件夹功能,需要将用户添加到vboxsf组中。

3、gnome桌面安装不成功

gnome桌面安装完成之后,如果没有设置自动启动gdm3,就需要在登录界面进行选择。

4、逻辑错误

Linux命令行界面下,严格区分大小写,在使用一些命令时,需要区分大小写,否则会提示找不到一些命令。

5、软件编译错误

有可能是虚拟机中资源不足,比如cpu和内存不足,导致无法编译成功,这个其实也很常见,有些软件编译的时候非常消耗资源,会将CPU占满,甚至需要编译几个小时,对资源的消耗是非常大的,这种问题常常会提示类似于 program will not fit into available  memory等错误。这种问题就需要想办法补充资源,或者终止一些消耗大内存的程序,释放一些内存。或者切换到文本界面。

6、安装软件缺少依赖

第一个就是最常见的缺少依赖,这个一般会提示缺少某些文件,比如前面我们在安装bwa的时候,提示缺少zlib.h,这个时候我们就需要找到哪个软件中提供了zlib.h,原来zlib.h来自于zlib库,所以,使用yum安装zlib就可以解决了这个问题;在安装circos的时候,提示缺少很多perl模块,将这些perl模块一个个安装上即可。

第二个原因是,提示缺少依赖,但是这个依赖的软件已经安装了,这是因为没有在系统路径下,无法找到。这个问题其实也很常见,尤其是作为普通用户安装软件时常常出现这种错误,因为root用户安装的软件,都会安装到usr等系统目录,类似这种错误就需要使用export将这些软件添加到bashrc中,例如export PERL5LIB,export R_LIBS,export LD_LIBRARY_PATH等;

7、如何解决错误

首先,一般系统错误会有提示,例如提示缺少某些东西。

error: zlib.h:no such file or directory

如果看不懂错误提示,可以使用google进行搜索,几乎所有的程序问题google都能搜索到解决方案,但是有时候google无法访问,所以需要学会科学上网,或者尝试使用bing搜索,总之不管如何,

搜索一下,error: zlib.h:no such file or directory

mp_get_memory_functions.c:1:17: fatal error: gmp.h: No such file or director

apt install -y vim

---------- END ----------

更多精彩内容欢迎订阅我们的微信公众号查看!

相关文章

网友评论

    本文标题:生信分析平台搭建(二十):常见问题

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/iutlhctx.html