进化树处理软件ETE3(python)

一、软件安装

安装指南地址：http://etetoolkit.org/download/

苹果电脑安装会报错，如下图：

ete_toolchain 安装不上，于是我只安装了etetoolkit和ete3(conda install -c etetoolkit ete3)

我刚开始学，会有什么影响我还不知道。

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按照要求删掉节点，比如说枝长小于某个值：

from ete3 import Tree

t = Tree( '((H:1,I:1):0.5, A:1, (B:1,(C:1,D:1):0.5):0.5);' )

nodes = t.search_nodes(dist=0.5)

removed_node = nodes[1].detach()

上面这个脚本只删除了一个节点，需要写个循环删除所有符合要求的节点

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从文件读取进化树，按进化树顺序输出物种名（leaf)

f = open("out.txt", "w")

t = Tree("Kmyo.nj_tree.out.result")

for node in t.traverse("postorder"):

    print(node.name, file=f)

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