在之前有说关于用juicer 分析hic数据
Hic数据分析1.0（juicer +程序中断接着跑）
在运行完juicer的配置文件以后，我们可以得到两个比较重要的文件：inter.hic和一个根据q30筛选的inter30.hic
这里的hic文件，就可以直接拿到juicerbox里面去看一下热图，看一下一些区域的相互作用。
那么，我们想知道一些loop和TAD的信息，我们如何用hic文件去call loop/TAD呢？
HiCCUPS!
因为GPU的版本我的计算机不支持，所以用的是“阉割版”的CPU命令：
附上代码：
其中--ignore_sparsity 是因为我自己的数据量不大，不加这个参数会有warning 信息，加了这个可忽略这个信息继续跑
-r 是指定了分辨率
--cpu 一定要加！
-m 线程数
最后输出到all_hiccups_loops的文件夹里
Ref:
https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/CPU-HiCCUPS
https://www.lizenghai.com/archives/19997.html
感谢小可爱能看到最后，一起加油！
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