1.获取uniport 蛋白序列
image.png
- 根据uniport ID提取相应的氨基酸序列（这里选择10.5 版本，ID为MSU：LOCxxxID）
perl脚本完成提取，获得文件为：target.seq.fa
3.下载string data base中的氨基酸序列
image.png
- 利用blast进行比对，获取ID
首先建库 提供protein.sequences.v11.0.fa 输出string.seq
makeblastdb -in protein.sequences.v11.0.fa -out string.seq -dbtype prot
搜库，其中target.seq.fa为2步产生，-db 为上一步产生的库文件string.seq， -num_alignments 1：只 要第一个匹配。
blastp -query target.seq.fa -db string.seq -out blast.out -evalue 1e-10 -num_alignments 1
-num_threads 4 -outfmt 6
- 提取IDs
cut -f1,2 blast.out >seq.tab
网友评论