seurat 对象中的 counts 转成稀疏矩阵barcode

作者: Amor唐 | 来源:发表于2020-02-17 23:56 被阅读0次

seurat 对象中的 counts 转成稀疏矩阵barcode
细胞通讯-4数据读取及创建对象
单细胞数据处理小细节汇总
MATLAB稀疏矩阵
机器学习中的稀疏矩阵
RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Sa
Seurat Command List
keras使用稀疏输入进行训练
稀疏矩阵计算心得
第一篇Rmardown文档

所使用的R包：DropletUtils
函数：write10xCounts

BiocManager::install("DropletUtils")    # 安装 R 包

library(DropletUtils)    # 加载 R 包

# seurat 对象导出 barcodes.tsv.gz、features.tsv 和 matrix.mtx.gz 至 output 文件夹

write10xCounts("output/",seurat_ob[["RNA"]]@counts,version = "3")

seurat 对象中的 counts 转成稀疏矩阵barcode
所使用的R包：DropletUtils 函数：write10xCounts
细胞通讯-4数据读取及创建对象
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单细胞数据处理小细节汇总
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MATLAB稀疏矩阵
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RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Sa
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Seurat Command List
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keras使用稀疏输入进行训练
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稀疏矩阵计算心得
在机器学习中，经常遇到稀疏向量，稀疏矩阵。如何高效处理这些稀疏对象，决定了一些模型能否在线落地应用。目前正在专攻这...
第一篇Rmardown文档
读取文件，并对重复基因取均值将矩阵转换为Seurat对象，并对数据进行过滤