R下载安装扩展包

十分建议看一下这篇文章，有趣，而且对R的使用有很大帮助 安装与配置

• .Renviron文件的配置（指定R内的环境变量）
  位置： ~/ 目录下，没有可新建
  写入： R_LIBS_USER="R的扩展包要安装的路径"

  windows下不需要，R包默认安装在library，若想自定义，可以在“C:\Users\Username\Documents”文件夹中添加以上文件（未尝试），“C:\Users\Username\”中貌似不管用。

• .Rprofile文件的配置（打开软件时运行的命令）
  位置： ~/ 目录下，没有可新建
  写入：

options(BioC_mirror='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor')
utils::setRepositories(ind=1:2)

options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

windows下，可以在“C:\Users\Username\Documents”文件夹中添加以上文件（未尝试），“C:\Users\Username\”中貌似不管用。个人是在图形界面选择的镜像，用着还可以。

• 常见R扩展包下载方式

options(CRAN="http://cran.r-project.org") # .Rprofile设置过后便可以不写
install.packages("扩展包名")
install.packages('path_to_packages')  # 需要填写第三方包的本地路径

library(my_package) # 加载第三方包

p <- `packageName`
library(p, character.only=True)

• 用BiocManager下载Bioconductor包

# Rscript 运行脚本下载BiocManager
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

# 用BiocManager下载Bioconductor包的代码
BiocManager::install("软件", version = "版本号")

• 参考文章
  [R][Bioconductor] 从安装开始：BiocLite 到 BiocManager
  R安装与配置
  R中安装程序包选择国内CRAN镜像方法
  暗藏玄机的Rprofile及R项目个性化定制
  不用biocLite安装Bioconductor包
  R语言install.packages()和library()函数
  Rstudio( bioconductor)下载太慢，用国内镜像