如何快速安装序列比对工具BLAST和Clustalo

BLAST可谓是生物信息学最基础的软件了，安装方法有很多种，比如可以是从NCBI网上下载并编译，也可以是其他。下面的方法， 是我认为最快捷的方法（ubuntu系统）

方法来源  http://www.blopig.com/blog/2014/04/quick-standalone-blast-setup-for-ubuntu-linux

Ad.1 The executables can be downloaded and compiled fromhere(download the source, run ./configure then make and finally make install in the directory of the untarred file). However a much easier way to do it under Ubuntu is:

sudo apt-get install ncbi-blast+

This automatically installs everything. In both cases to check if all went ok, type:

which blastp          ####如果能显示地址就成功了

安装多序列比对工具 clustalo 同理

sudo apt-get install clustalo

which clustalo

数据库下载中心

个人比较喜欢EMBL-EBI的，数据分类比较清晰；NCBI比较杂乱。

1.  全物种   uniprot:   http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/download.html

个人倾向于下载注释比较清晰的 swissprot数据  

wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/knowledgebase/uniprot_sprot.fasta.gz

2.  单个物种 倾向于 ensembl : http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html

或者 ftp://ftp.ensembl.org/pub

里面有大多数物种的基因组数据

3.  BLAST推荐的nr和nt数据库下载地址

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

里面有NCBI主要的数据库