本文的绝大部分都为解决问题的思路,如果只想知道如何安装特定版本号(每次提交的唯一标识),可以直接翻到文末。
事情的起因是一位读者在使用RNAseqStat时遇到了bug,对象“deg_data_g”找不到。
结合results文件和报错,我们可以推测出是火山图绘制时出现了问题。
起初我以为是读者的数据格式有问题,于是我用GSE179367数据集尝试运行,可以正常跑通。但查看他的代码,发现用的居然是示例数据。
结合该读者是最近才装的RNAseqStat,这就很有可能是永和在对包进行调整的时候出了问题,我们前往永和RNAseqStat[1]的界面,进入R,找到代码更新历史,发现在一个多月前,该部分代码(enhance_volcano.R)有一定更新。
因为RNAseqStat没有发布不同的release,我以为只能等永和更新了,但永和提到了一种安装以前版本R包的方法。
由于github上每一次包的更新都会有所记录,我们便可以通过每次提交的唯一标识下载以前更新的包。
我们可以通过以下命令查看我安装的是哪一版的RNAseqStat。
> devtools::package_info("RNAseqStat",dependencies = F)
package * version date (UTC) lib source
RNAseqStat 0.1.0 2021-12-25 [1] Github (xiayh17/RNAseqStat@c374ed0)
[1] D:/Documents/R/win-library/4.1
[2] D:/Program Files/R/R-4.1.2/library
可以发现是c374ed0;接下来安装该版本。
devtools::install_github("xiayh17/RNAseqStat@c374ed0")
贴心的永和还添加了Verified标识,只要是带有该标识的版本,应该是不会存在问题的~
另外,该bug已于昨天连夜被永和修复,大家可以放心安装新版本。
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