绘制堆叠条形图，并在组间添加连线标注

绘制堆叠条形图，并在组间添加连线标注，可使得组间比例变化对比更加明显。

本篇文章主要参考自《学习践行者》。

library(tidyverse)
library(ggpubr)
library(ggsci)

#创建数据集
da <- data.frame(ER=c(rep("a",7),rep("b",7)),
   group=c(6:0,6:0),
   value=c(4,7,39,23,11,4,12,9,5,18,17,35,5,12))

da$ER <- factor(da$ER,levels = c("a","b"),labels = c("72h ER<70% \n (N=163)", "72h ER≥70% \n (N=171)"))

da$group <- factor(da$group)

#绘制堆叠条形图
p <- ggplot(da,aes(x=ER,y=value,fill=group)) +
   geom_bar(stat="identity" , width=0.4, position = position_stack()) +
   scale_y_continuous(breaks=seq(0,100,by=10))+ #修改y轴刻度
   geom_text(aes(label = value),        #添加标签
   position = position_stack(vjust = 0.5),  # 让文本垂直居中堆叠  
   size = 4, color = "white") +  # 可以调整字体大小和颜色
   theme_classic2()+
   scale_fill_nejm()+
   labs(x=" ", y="percentage of patients(%)", fill = "Modified Rankin Scale Score") +
   theme(legend.position = "top", legend.title=element_text(face = "bold", size = 12)) +
   guides(fill=guide_legend(nrow=1))+ #修改图列
   coord_flip()  #旋转x和y轴

# 提取图形的坐标轴数据  
gg_obj <- ggplot_build(p)  

# 提取数据  
bar_data <- gg_obj$data[[1]]  

bar_1 <- bar_data %>%
   filter(x==1) %>%
   select(ymax,xmax) %>%
   rename(xvalue=xmax) %>%
   mutate(group=1:7)

bar_1_1 <- data.frame(ymax=0, xvalue=1.2, group=0)


bar_2 <- bar_data %>%
   filter(x==2) %>%
   select(ymax,xmin) %>%
   rename(xvalue=xmin) %>%
   mutate(group=1:7)

bar_2_1 <- data.frame(ymax=0, xvalue=1.8, group=0)

#合并数据集
bar <- rbind(bar_1_1,bar_1,bar_2_1,bar_2)

bar$group <- factor(bar$group)

#绘制折线图
ggplot(data=bar,aes(x=xvalue,y=ymax,group=group))+
   geom_line(col="blue",alpha=0.3)+
   theme_classic2()+
   coord_flip()

p1 <- p + geom_line(data=bar,aes(x=xvalue,y=ymax,group=group),col="blue",alpha=0.3)

p1
ggsave(p1,filename="bar.png",width = 7,height = 5,dpi=400)

得到结果：