1.怎么判断一个chip-seq峰（peak）？
实际上并没有一个确切的定义。A “peak” is what a “peak-finder” finds，峰很大程度取决于使用的软件。
2.RNA-seq和chip-seq数据的比较
2.1 chip-seq来自的DNA片段比RNA-seq短很多，大多数蛋白的结合峰很窄
2.2 chip-seq峰的定位范围比RNA-seq宽，RNA-seq都来自于转录组序列
2.3 chip-seq峰的存在较多的假阳性。RNA-seq测序数据可以清晰地分辨是否来自转录组，而chip-seq数据取决蛋白的结合能力、抗体的结合能力等
3.chip-seq比对基因组有以下五种结果
1.没有信号
2.有信号，但没有峰形，可能是噪音
3.有峰形，但是低于背景值
4.有峰形，且高于背景值
5.有峰形，在样本间存在差异
大部分peak-finder只能发现4，5类信号。
4.一个chip-seq峰代表什么？
chip-seq是基于群体细胞的实验结果，因此每一个峰都是群体细胞的总和。
由于抗体非特异性等原因，存在较多的假阳性峰，所以需要对照试验。
5.宽峰与窄峰
取决于蛋白和实验类型，比如chip-nexus峰较窄，不同峰形应用不同的peak-finder。
6.正负链
由于可能存在正负链结合位置叠加，因此对于位置要求精确的结果，需要分开进行。
7.对照组
7.1 IgG对照：加入IgG进行对照，结合的是非核抗原。
7.2 input对照：样本不加入抗体进行富集
详细可见下文
Nature, 2015: ChIP-Seq: technical considerations for obtaining high-quality data2
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