已知蛋白序列,预测出其三维结构,并把此蛋白定向进化突变的关建氨基酸位点凸显出来
vmd可以实现,但是输出的图片分辨率较低,不符合文章投稿要求
通过查看vmd帮助文档,解决方法如下:
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这里我已经获得了预测的蛋白三三维结构文件 — .dat结尾;首先利用vmd的Tachyon渲染器输出一个.dat文件
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命令行模式下转化为高分辨率bmp格式
C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD>.\tachyon_WIN32.exe C:\Users\yjk\Desktop\ruan\1.dat -aasamples 36 -mediumshade -trans_vmd -res 1920 1080 -format BMP -o C:\Users\yjk\Desktop\ruan\1.bmp
Tachyon Parallel/Multiprocessor Ray Tracer Version 0.99.1
Copyright 1994-2014, John E. Stone <john.stone@gmail.com>
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Scene Parsing Time: 5.9690 seconds
Scene contains 548110 objects.
Preprocessing Time: 0.4370 seconds
Rendering Progress: 100% complete
Ray Tracing Time: 35.7190 seconds
Image I/O Time: 0.0470 seconds
- NB: -aasamples 一般设置为24,值越大锯齿越不明显,但不能无限大
-res 调节分辨率
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