朱标病逝，朱允文因为守孝时悲伤过度而身体消瘦。朱元璋见到孙子如此孝顺，便于九月立朱允文为皇太孙。 1398 年5月，明太祖朱元璋驾崩，朱允文即位。由他接手的大明朝正是粮草充足、兵强马壮之时。当年朱元璋为了保证江山永固，便把自己的儿子们封为藩王，并送兵赠银，让其各自发展。而朱允文在当太子时，就已经对藩王们的佣兵自重有所担心，恐怕朱元璋死后自己遭到各势力的打击，也曾与朱元璋讨论过藩王之事，并受到默许。
上位后的朱允文便首先着手削藩，在齐泰等人的建议下，他先后对周、齐湘带民各个藩王下手。之所以没动燕王朱棣，是因为他的势力在各藩王中最大。朱允文本想先削掉其他朱王，将朱棣孤立，避免其与其他藩王联手。没想到他在打击其他势力的过程中，朱棣早已为起兵造反做足了准备。
1399 年8月，朱棣兵变发动了历史上有名的靖难之一。起兵之初，朱棣只有 10 万兵马，而且能控制的土地只有自己的北京封地，而南京都城建闻朝廷的常备军是朱棣军队的三倍之多，在消掉五番后的经济实力更是大增。如此忧势之下，朱允文却与朱棣军队对峙了三年之久。随着时间的拖延以及指挥不力，朝廷军队的缺点逐渐暴露，士兵开始失去战斗力，许多将领降于朱棣帐下，朱允文开始与其谈判，以割地为条件，请求停止战争，但遭到朱棣的拒绝。最后朱棣攻入京都，朱允文从此不知去向。在庆历起火被烧的皇宫时，朱棣发现了三具烧焦的尸体，据当时的太监所说，他们正是皇帝、皇后和他的长子朱文奎。
那么为什么坐拥百万雄兵的建文帝会败给朱棣？首先，建文帝优柔寡断，策略连连失误。当初准备削藩时，他明知朱棣是最大的威胁，却偏偏掀削了几个并未构成威胁的藩王，结果打草惊蛇，给朱棣留出了大量的准备时间。有人曾建议把燕王喜封到南方，既不算削除他的王浩，又可以削弱他的势力，算是良策。但建文帝迟疑不决，没能实行。其次是因为建文帝的宽人优柔，人品好，虽然没什么问题，但作为一个封建时代的统治者，仅靠人柔二字根本无法治国。例如李景龙率领 60 万大军北伐，结果全军覆没。如果换作朱元璋，早就把他军阀处置了。可恰恰相反，李景龙不仅没有被杀，还继续被朝廷重用。而朱允门的结局就是最好的证明。朱棣之所以能顺利攻入都城，正是因为李景龙开门影响建文帝的失败。有人归咎于皇子成和七太的书生误国，也有人归咎于李景龙的无能无耻，但是究其根本，最主要是朱允文的由于懦弱以及毫无决断，让本来弹指可灭的燕王终成滔天大患。
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