2022-01-01 liftover——不同基因组座位转换工具

简介

The liftOver tool is useful if you wish to convert a large number of coordinate ranges between assemblies.

在线版

UCSC Genome browser中的Tools中有liftover的在线版工具Lift Genome Annotations。在线版liftover可以进行相同物种不同版本基因组间的转换，也可以进行不同物种间的转换。

本地版

本地版的liftover只能在linux系统中以命令行的形式运行。

下载地址与安装

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver #下载liftover
chomd +x ./liftover #更改下载的liftover的执行权限
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz #下载从hg19到hg38版转换的注释文件，其他的注释文件可以在http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human中的LiftOver files下载

liftover使用

1.将liftOver变为可执行文件（chomd +x ./liftover）

2.执行，参数为inputfile，over.chain.gz，outputfile，unmapfile

3.inputfile为带转换的bed格式文件；over.chain.gz为转换的注释文件；outputfile为输出的文件；unmapfile为未成功转换的文件

hg19>hg38转换

./liftOver hg19_ICGC_donor_SNP.bed hg19ToHg38.over.chain.gz hg19tohg38_ICGC_donor_SNP.bed hg19_ICGC_donor_SNP_unmapped.bed