最近写了一个snakemake流程，方便自己跑SNP分析。目前还是需要手动编辑一个文件表，剩下就是直接等着收树文件了。

安装

首先克隆
git clone https://github.com/galstriker/autosnippy.git
cd autosnippy
复制我的环境
conda env create -f autosnippy.yaml
激活环境
source activate autosnippy

使用

准备
1.需要分析的样品序列文件的列表，制作方式看我前一篇，命名为fasta.txt，放在autosnippy.smk 文件所在目录。
2.更改流程文件autosnippy.smk 第二行参考基因组文件的全路径，目前fasta格式测试没问题，gbk文件我测试时报错没详细看。

开始
snakemake -s autosnippy.smk -c 64
至此就可以等着程序结束，获得进化树文件了。

地址在这
autosnippy ,觉得好用去点个Star收藏下吧。