美文网首页
GSEA分析

GSEA分析

作者: 超级无敌大蜗牛 | 来源:发表于2021-07-28 16:24 被阅读0次

    非常全的富集分析
    GSEA分析
    GSEA软件分析指定term在实验组和对照组的变化。
    一、需要准备两个txt文件:

    • term.gmx
      用来储存term对应的gene symbol


      image.png

      如果有很多term想看,后面可以再加一列,输入对应term名称以及term里面所包含的gene symbol;

    • res.rnk
      经过排序(可以选择Foldchange或者p value进行排序)的差异表达结果,包含两列,第一列是gene symbol, 第二列是Foldchange或者p value


      image.png

      二、load数据
      三、选择Run GSEAPreranked—选择相应参数—Run—点击左下方success,可以查看相应结果。
      如果你的矩阵文件没有基因symbol,只有探针名,则需要选择collapse,使用基因ID和symbol则选择NO_Collapse

    image.png
    image.png
    image.png

    感谢wl师兄

    相关文章

      网友评论

          本文标题:GSEA分析

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/jvvcmltx.html