非常全的富集分析
GSEA分析
GSEA软件分析指定term在实验组和对照组的变化。
一、需要准备两个txt文件:
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term.gmx
用来储存term对应的gene symbol
image.png
如果有很多term想看,后面可以再加一列,输入对应term名称以及term里面所包含的gene symbol;
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res.rnk
经过排序(可以选择Foldchange或者p value进行排序)的差异表达结果,包含两列,第一列是gene symbol, 第二列是Foldchange或者p value
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二、load数据
三、选择Run GSEAPreranked—选择相应参数—Run—点击左下方success,可以查看相应结果。
如果你的矩阵文件没有基因symbol,只有探针名,则需要选择collapse,使用基因ID和symbol则选择NO_Collapse
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感谢wl师兄
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