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热图图例问题

热图图例问题

作者: 一路向前_莫问前程_前程似锦 | 来源:发表于2018-09-18 21:38 被阅读0次

    画热图遇到图例显示不完全 如下

    image.png

    code:

    for 循环批量画热图
    for(i in 1:2){
      
    heatdata=data6%>%
      subset(cluster==t[i])
    class <- c(rep("OMEN",52),rep("PRI",52))
    annotation_col <- data.frame(class)
    rownames(annotation_col) <- colnames(heatdata)[1:104]
    tiff(file =  paste("heatmap",t[i],".tiff"), width = 4400, height = 2500, units = "px", res = 300)
    p[i]=pheatmap(heatdata[1:104], #热图的数据
                cluster_rows = TRUE,#行聚类
                cluster_cols = F,#列聚类,可以看出样本之间的区分度
                annotation_col =annotation_col, #标注样本分类
                #annotation_legend=TRUE, # 显示注释
                show_rownames = F,# 显示行名
                scale = "row", #以行来标准化,这个功能很不错
                color=colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100),
                #color=colorRampPalette(c("green","black","red"))(100),
                #color =colorRampPalette(c("blue", "white","red"))(100),#调色
                #filename = paste("heatmap",t[i],".pdf")#是否保存
                #cellwidth = 8# 格子比例
                #fontsize = 10
    ) 
    dev.off()
    }
    
    
    这种情况下,需要设定单元格长度 比如我把 cellwidth = 8# 格子比例
    for(i in 1:2){
      
    heatdata=data6%>%
      subset(cluster==t[i])
    class <- c(rep("OMEN",52),rep("PRI",52))
    annotation_col <- data.frame(class)
    rownames(annotation_col) <- colnames(heatdata)[1:104]
    tiff(file =  paste("heatmap",t[i],".tiff"), width = 4400, height = 2500, units = "px", res = 300)
    p[i]=pheatmap(heatdata[1:104], #热图的数据
                cluster_rows = TRUE,#行聚类
                cluster_cols = F,#列聚类,可以看出样本之间的区分度
                annotation_col =annotation_col, #标注样本分类
                #annotation_legend=TRUE, # 显示注释
                show_rownames = F,# 显示行名
                scale = "row", #以行来标准化,这个功能很不错
                color=colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100),
                #color=colorRampPalette(c("green","black","red"))(100),
                #color =colorRampPalette(c("blue", "white","red"))(100),#调色
                #filename = paste("heatmap",t[i],".pdf")#是否保存
                cellwidth = 8# 格子比例
                #fontsize = 10
    ) 
    dev.off()
    }
    
    
    得到下图
    image.png

    白色可以理解为图床

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