压缩文件的使用

1. 压缩文件的分类：

ZIP：扩展名为.zip，用于压缩/解压缩的程序是zip/unzip；

GZIP：扩展名为.gz，用于压缩/解压缩的程序是gzip/gunzip，UNIX系统最常用的压缩文件形式；

BZIP2：扩展名为.bz/.bz2，用于压缩/解压缩的程序是bzip2/bunzip2；

XZ：扩展名为.xz

BGZIP：生信专用的一种压缩文件形式，可以认为是GZIP的变种，BGZIP文件可以用gzip解压，但BGZIP文件只能由bgzip压缩产生。

    BGZIP用法示例：

efetch -db=nuccore -format=fasta -id=AF086833 > AF086833.fa

bgzip AF086833.fa

更多的bgzip教程见：http://www.htslib.org/doc/tabix.html

2. 压缩和解压缩：

#下载测序文件：

efetch -db=nuccore -format=fasta -id=AF086833 > AF086833.fa

#用gzip压缩为一个名为AF086833.fa.gz的文件：

gzip AF086833.fa

#预览AF086833.fa.gz：

gzcat AF086833.fa.gz | head

#解压缩AF086833.fa.gz：

gunzip AF086833.fa.gz

3. 压缩多个文件：

#下载测序文件并存储为两个名为AF086833.fa和AF086833.gb的文件:

efetch -db=nuccore -format=fasta -id=AF086833 > AF086833.fa

efetch -db=nuccore -format=gb -id=AF086833 > AF086833.gb

#将AF086833.fa和AF086833.gb压缩为一个名为sequences.tar.gz的文件：

tar czfv sequences.tar.gz AF086833.fa AF086833.gb