佛学心理学的意识结构包括阿赖耶识、莫纳识、意识、眼识、耳识、鼻识、舌识和身识。人如果正念深或者在催眠的状态下，会接触到阿来耶识层面，禅定和打坐把念头全部归零，没有任何思考时也会触及到阿赖耶识的层面，这时人会极度放松，失去时空概念，抑郁症也会消失。
佛学心理学把意识分为对外有分析的意识和对内无分析的意识，在感受无分别中：视学是视觉，听觉是听觉，相互彼此无感受，同时五识根器会因灵敏度，决定判断对与错的程度，因此，在心理学中，可充分利用这一点进行心理疗愈。
人对一件事情的经验记忆，包括很多经验元素，只需将这些经验元素改变，便可以把原来的情绪困扰消除，例如颜色的转换，深浅的变化，位置的不同等。一位女士对毛毛虫患有过敏性恐惧，每次看到毛毛虫便整个人僵硬起来、手足无措。现在可以引导她把恐怖的毛毛虫细分一下，找出是她最反感的是其中的哪些部分，然后把由五识形成的经验元素进行增减。比如把毛毛虫头部敷上一个蝴蝶结，带上个喜感的眼镜，或把毛毛虫的触须剪短，或是把毛毛虫的嘴巴上加上胡子，甚至变成某位名人的嘴脸等，这些做法很自然的会把本来引起恐惧的事物变得滑稽，因而这位女士的情绪困扰也就随之消除了。
佛学心理学认为，有思考的都有错误，正因为有错觉，现实中才能够表达和工作，在心理辅导中，把有错觉的内感觉进行调整，就会对人的情绪和心理产生不一样的影响。
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