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文献简报-ASAP 2020:单细胞组学分析开放、可扩展、交互式

文献简报-ASAP 2020:单细胞组学分析开放、可扩展、交互式

作者: 六博说 | 来源:发表于2020-07-15 21:45 被阅读0次

    随着单细胞数据的爆发时增加,传统的科研人员如何方便的探索单细胞数据,成了急需解决的问题,数据解读才是未来单细胞方向的关键,对于工具的开发是当前必须要解决的问题,这篇文章开发了基于网页版的协作工具,可以定制扩展相关分析,降低了数据分析的门槛。


    单细胞组学使研究人员能够以10年前无法想象的分辨率解剖生物系统。然而,这一分析革命也引发了“大数据”管理的新需求,迫使研究人员跟上日益复杂的分析过程和快速发展的方法。为了使这些过程和方法更易于访问,研究人员开发了基于web的协作门户ASAP(自动单细胞分析门户)。因此,研究人员的主要目标是使单细胞组学数据分析大众化(scRNA-seq和最近的scATAC-seq)。通过利用Docker系统来增强可重复性,以及最近为提高可伸缩性而开发的新的生物信息学方法,ASAP可以满足最近的细胞地图集项目(例如人类(HCA)和果蝇 (FCA)细胞图谱项目)提出的具有挑战性的要求。具体来说,ASAP现在可以处理包含数百万个单元的数据集,集成直观的工具,使研究人员能够在同一个项目上同步协作。ASAP工具进行版本控制,研究人员可以创建惟一的访问id,用于存储可由其他人复制或完成的完整分析。最后,ASAP不需要任何安装,提供一个完整的、模块化的单细胞RNA-seq分析流程。ASAP可以在https://asap.epfl.ch免费使用。

    文献来源:【PMID】32449934

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