哈，三月是适合写简书的月份~
这只是一篇短的心得，记录自己刚刚遇到的问题，供大家参考。
背景：
- 在用DESeq2做转录组差异基因，有几个关注的marker基因想要画图展示；
- 这种情况可以用DESeq2包自带的plotcounts功能，这里我利用这个功能输出数据，后面接ggplot2作图；
- 想要把关注的3个基因的表达情况展示在一张图上，尝试了layout( )不成功；
- 找教程，安装了Rmisc包，利用multiplot功能，但是操作时遇到了问题。
详细情况:
setwd('')
colData <- read.table('', sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
readscount <- read.table('', sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
condition <- factor(c( ))
batch <- factor(c())
library(DESeq2)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(readscount, colData, design =~ batch + condition)
dds <- DESeq(dds) #完成dds构建和数据标准化
library(ggplot2)
library(Rmisc)
p1 <- plotCounts(dds,gene="ENSSSCG001",returnData=TRUE) #基因id不便透露，returndata是只返回数据不作图，将数据存储于p1
pp1 <- ggplot(p1,aes(x=condition,y=count))+ #这里不可直接输出ggplot图形，而是要存储于另一个变量，最后再用multiplot输出，否则就会出错！
geom_boxplot(notch=F,aes(color=condition)) +
scale_y_log10() + ggtitle("GENE1") + xlab("") + ylab("") +
theme(plot.title=element_text(face="italic"),legend.position="none")+
theme(panel.grid.major=element_blank(),panel.grid.minor=element_blank())+
theme(panel.background=element_blank()) +
theme(axis.line=element_line(color = "black"))
p2 <- plotCounts(dds,gene="ENSSSCG002",returnData=TRUE) #这里只用两个基因举例
pp2 <- ggplot(p2,aes(x=condition,y=count))+
geom_boxplot(notch=F,aes(color=condition)) +
scale_y_log10() + ggtitle("GENE2") + xlab("") + ylab("") +
theme(plot.title=element_text(face="italic"),legend.position="none")+
theme(panel.grid.major=element_blank(),panel.grid.minor=element_blank())+
theme(panel.background=element_blank()) +
theme(axis.line=element_line(color = "black"))
multiplot(pp1,pp2,cols = 2) #输出两个图形在一个页面上，左右而不是上下形式。
所以最后我想说，一定要把ggplot图形存起来最后输出，否则会出错。
这是一个小白问题，但是本着“一定不止我一个人遇到这歌问题”的原则，写出来分享给大家，小白可参考，同时期待大佬的指点。
一个问题：这里用的dds按道理是标准化了的，但是实际看来并非如此。为什么？
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