这期开始会不断更新一些软件安装使用过程中的一些问题，帮着各位老师快速的实现软件的使用，在安装过程中总是出现这样那样的问题，我们就将基于此类问题，总结一些解决办法，帮助大家快速成长！今天我们要说的是 velocyto.R 怎么安装以及debug？

devtools::install_github("velocyto-team/velocyto.R")

报错信息如下：

g++ -shared -s -static-libgcc -o velocyto.R.dll tmp.def RcppExports.o points_within.o routines.o -lboost_filesystem -lboost_system -lstdc++ -LD:/R-4.2.1/bin/x64 -lRlapack -LD:/R-4.2.1/bin/x64 -lRblas -fopenmp -lgfortran -lm -lquadmath -LD:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib/x64 -LD:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/lib -LD:/R-4.2.1/bin/x64 -lRD:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: cannot find -lboost_filesystemD:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: cannot find -lboost_systemcollect2.exe: error: ld returned 1 exit statusno DLL was createdERROR: compilation failed for package 'velocyto.R'* removing 'D:/R-4.2.1/library/velocyto.R'Warning message:In i.p(...) :  安装程序包‘C:/Users/zhaoh/AppData/Local/Temp/RtmpGuvyjs/file425c4675b5e/velocyto.R_0.6.tar.gz’时退出狀態的值不是0

解决方案：

1. 首先下载安装好Boost, 这个可以参考以往 软件安装系列：Boost 的安装与初试

2. 下载软件包 velocyto.R ，下载地址：https://github.com/velocyto-team/velocyto.R

下载后自动生成的名称为：

将压缩包解压，并且修改文件名称为：

3. 进入velocyto.R目录，创建目录 inst:

进入inst再次创建目录 include:

找到Boost安装目录，将整个目录进行复制，黏贴到刚刚创建的目录 include中：

4. 进入src目录，找到Makevars，对其内容进行修改

使用文本的方式打开文件Makevars，原始内容如下：

修改为以下内容：

CXX_STD = CXX11PKG_CXXFLAGS= $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)PKG_CPPFLAGS = -I../inst/includePKG_LIBS= -lstdc++ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS)  $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(FLIBS)

最后看下修改后的样子，千万别搞错了，否则还报错哦！

5. 最后再次进行安装，路径就填写到velocyto.R文件夹即可，运行下面的代码：

install.package('F:\demo script\velocyto.R', repos = NULL, type = 'source')

安装成功，最后测试一下：

library(velocyto.R)载入需要的程辑包：MatrixWarning message:程辑包‘Matrix’是用R版本4.2.2 来建造的 

总结一下，其实这个软件包还是挺麻烦的，需要在安装之前依赖几款软件，安装顺序为：Microsoft Visual Studio ———> Boost ———> velocyto.R

下期将分享 velocyto.R 具体数据分析，敬请期待哦！

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