linux系统的基础操作命令：

sudo 超级管理员获得权限命令

cd 打开文件命令

cp 复制文件命令

cp –r test/ newtest（使用指令"cp"将当前目录"test/"下的所有文件复制到新目录"newtest"下）

-a：此选项通常在复制目录时使用，它保留链接、文件属性，并复制目录下的所有内容

-p：除复制文件的内容外，还把修改时间和访问权限也复制到新文件中。

-r：若给出的源文件是一个目录文件，此时将复制该目录下所有的子目录和文件

rm 删除文件命令

rm -r text 删除当前目录下的所有文件及目录

-i 删除前逐一询问确认。

-f 即使原档案属性设为唯读，亦直接删除，无需逐一确认。

-r 将目录及以下之档案亦逐一删除

linux系统下的几类安装包：

1.deb包    soft.version.deb

2.tar.gz源代码包  soft.tar.gz

3.tar.bz2源代码包 soft.tar.bz2

4.bin文件 soft.bin

5.rpm包  soft.version.rpm

6.zip包 soft.zip

几类安装包的安装方法：

tar.gz源代码包  soft.tar.gz   

（安装实例：EIGENSTRAT https://github.com/DReichLab/EIG）

1、下载相应的软件包，并找到其在linux系统中的位置；

2、cd soft.tar.gz所在的目录（或者右键soft.tar.gz所在的目录选择用终端打开）；

3、tar -xzvf soft.tar.gz （解压缩的过程，会在软件包所在目录出现解压后的软件目录）

4、cd soft(打开该软件目录)

5、./configure（1、让用户选定编译特性；2、检查编译环境。configure执行后将生成MakeFile文件./configure --prefix=安装路径 --conf-path=配置文件的具体位置）ps：有的文件自带makefile文件，这一步

6、make(make 命令 是对 makefile 文件 操作)

7、make install(make install 是安装命令)

8、运行这个程序，找到程序包的bin目录下的可执行文件(文件属性为application/x-sharedlib)

9、右键可执行文件用终端打开：chmod +x filename（）

                                                          ./filename

zip包 soft.zip

（安装实例：plink  http://www.cog-genomics.org/plink2）

1、下载相应的软件包，并找到其在linux系统中的位置；

2、cd soft.zip所在的目录（或者右键soft.tar.gz所在的目录选择用终端打开）；

3、 unzip soft.zip （解压安装包）

4、此类安装包解压完成后一般直接可以运行有可执行文件executable (application/x-executable)

9、右键可执行文件用终端打开：chmod +x filename（）

                                                          ./filename

deb包    soft.version.deb

（安装实例：搜狗输入法 for linux  https://pinyin.sogou.com/linux/?r=pinyin）

1、下载相应的软件包，并找到其在linux系统中的位置；

2、sudo apt-get update(先更新一下系统包)

3、sudo dpkg -i  +文件路径（就是的soft.version.deb包下载的所在路径直接粘贴即可）

4、sudo apt-get install依赖包（根据上一部安装软件所需要的依赖包，此命令为安装依赖包）

5、sudo apt-get -f install（若上一步报错可以尝试这个命令）

6、sudo dpkg -i  +文件路径（就是的soft.version.deb包下载的所在路径直接粘贴即可）

7、关机重启即可

参考文章：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/11166523.html

                    https://blog.csdn.net/qq_39088036/article/details/88761123

                    https://blog.csdn.net/wdz306ling/article/details/79931892

                    https://www.cnblogs.com/Mr-liyang/p/7645729.html

                    https://www.runoob.com/linux/linux-comm-cp.html

                    https://www.runoob.com/linux/linux-comm-cp.html

                    https://jingyan.baidu.com/article/22fe7cedcf473c3002617f1e.html