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从peak到序列

从peak到序列

作者: Stone_Stan4d | 来源:发表于2019-01-15 15:51 被阅读19次

1 打开网址

http://cistrome.org/db/#/

2 选择细胞系和组蛋白,进入基因组浏览器

image.png

3 看峰

image.png
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4 去NCBI下载序列

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/?context=genome


输入坐标:


image.png
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得到序列:

>gi|568815587|ref|NC_000011.10|:117987686-117988171 Homo sapiens chromosome 11, GRCh38.p12 Primary Assembly
AGAGTAGAGCTAGGAATTGGTATTGAGTATCTCTCCTCGGAGCTACAGGTGCCAGCTCTTGTGGGGATGT
CCTCAGCCATGTGTAGAGCCAGAGCTGATTTATTCCATCTGTCCTTGCCCAGCCAGAGGTTGGACATCTG
GCTATAGGCAAAGCCCTCCCAGAAACTAGGGAATGAGGCAAGCACTTAGCTTGGGGAGCCCAGGAGACCT
ATGAAGAGAAGGAGGCAGATGTCAGCAAGCAGGCTGTCTGTGTACTTAGTGAGGTGGCTTTGAGCTGGAG
CCTGGGCCAAGCCAGGGTGGGGATCAGGTGTGTGGATGGGGCCAAGCCTAGGAATAGTGCTAGAGCAGGG
ACAGGGATTGGGCAGAGCCAGGGACTAACACATCTGAGAGCTCATTGCCAACTTGCTTAGCCCTCGGCCC
CTGCCTTCTTCCCTGGTAGGCATCAGACTCAGCTTGGCTCTTCTCAGCCCCCACTGCAGCTTCTGA

注意如果基因是在反向序列上,则要取互补序列。拿到序列去设计引物,进行chip-qPCR。

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