往期回顾B站中只有视频课程,代码部分整理在往期推送之中:
手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化
其他单细胞相关技术贴也在这里:
如果这期视频看不懂,你可能需要看看这些:
上一讲中我们已经教会了大家如何对多样本的数据做差异分析,拿到差异基因列表。通常情况下差异基因数量是非常多的,显然拿着这么长的list直接撰文是不科学的。这时就需要我们利用一定的“先验”通路,去评估我们获得的差异基因集,从而帮助大家更好的了解自己手中的数据,解释好数据背后的生物学意义,向文章迈进!
在线做富集分析DAVID:
https://david.ncifcrf.gov/当然,我不是很推荐这种,原因在这里:
PPI同样有这个功能,视频里我们也演示了:
如果你想使用clusterProfiler又不想写代码:
老俊俊的生信笔记(公众号)
http://139.186.136.72:3838/Enrichtool2.3/
GSVA不用再多说了吧,花很多篇幅说过了:
GSEA的内容也是更过的:
正餐
保姆级教程 《手把手教你做单细胞测序数据分析》(七)—— 基因集富集分析
(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少看三遍)
欢迎关注同名公众号~
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