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bgzip 压缩文件,tabix 建索引

bgzip 压缩文件,tabix 建索引

作者: 风知秋 | 来源:发表于2023-03-20 20:47 被阅读0次

    在对 vcf 文件压缩时,不可以用 gzip 来代替 bgzip;

    压缩

    bgzip  -f  view.vcf

    解压缩

    bgzip  -d    view.vcf.gz     

    或者

    gunzip view.vcf.gz

    建索引(tbi格式结尾的索引文件)

    tabix  -p  vcf  view.vcf.gz

    ##

    获取位于11号染色体的SNP位点

    tabix     view.vcf.gz      11

    ##

    获取位于11号染色体上突变位置大于或者等于2343545的SNP位点

    tabix     view.vcf.gz       11:2343545

    ##

    获取位于11号染色体上突变位置介于2343540到2343596的SNP位点

    tabix      view.vcf.gz       11:2343540-2343596

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