转录组分析笔记（2）软件安装

一、软件安装

A. conda

1.安装miniconda

miniconda官网：

#下载

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

vi .bashrc  查看PATH

source .bashrc

2.miniconda添加源

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels defaults

3.conda搜索和安装

conda search 

conda install

B. SRA Toolkit

网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

作用：将下载的SRA格式的测序结果转换成fastq格式，便于下一步的测序数据质控

安装 conda install sra-tools

或者

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

# 解压并将解压后的文件剪切到biosoft目录下

tar -zxvf  sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz && mv  sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft

# vim编辑器直接编辑~/.bashrc文件，将该软件加入环境变量中，可以全局运行

vim ~/.bashrc

# 在文件最后增加如下内容

PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin

# 更新

$ source ~/.bashrc

# 尝试运行软件，出现帮助信息，就说明成功安装

$ fastq-dump -h

C. Fastqc

作用：可视化测序结果质量的软件（在安装之前需要检测一下Java环境）

1.检查JAVA环境

# 看是否安装了Java

java -version

# 若不存在，则进行安装，但是Java的版本要适合

sudo apt-get install openjdk-8-jdk  或者conda install jdk

2.安装fastqc

conda install fastqc

D. HISAT2

作用：将RNA-Seq的结果比对到基因组

conda install hisat2

E. HTSeq

作用：用来计数多种mapping软件输出文件reads

conda install htseq

F. SAMtools

作用：生成存放高通量测序比对结果及其他转换格式，融合文件

conda install samtools

G. R

作用：统计分析

conda install r

H. Rstudio

conda install rstudio