Alpha体系结构倾向于实现高性能的指令集。为了这个目标，做了两个有争议性的决定：不精确的浮点异常；不支持按字节或者半字访问数据（即只支持按word访问数据）。
为了简化流水线执行， Alpha 的异常触发与常见的略有不同（通常，一般的体系结构 ，都要求在触发异常时，在异常指令前的所有指令都需要执行完，而之后的指令全部不执行）。它特别提供了 TRAPB 指令， TRAPB 指令可以等待到前面的算术指令执行完成为止。在最极端的情况下，在每个可能发生异常的指令后面都加上TRAPB会导致执行速度比精确异常还慢5倍。
如果代码里面没有带TRAPB的话，则程序执行的结果就可能不符合 IEEE 754 标准。这是因为 Alpha 用软件浮点实现了一部分标准（NaNs，infinities，以及非规格化数），当然很多其他微处理器也是这么做的。但是软件实现的这部分操作中，必须要用到精确异常。
当设计这个体系结构的时候，架构师认为字节读写会拖慢数据传输。字节的读，需要在数据传输路径上加一个额外的移位，而字节写入，则需要从内存中读出后再写入，并且需要重新计算ECC值。
为了减少获取字节数据的指令数， Alpha 精心设计了一些字节操作指令：对寄存器位域扩展和清零（EXTxx），插入位域（INSxx），掩码清零（MSKxx），零位域（ZAP），多字节比较（CMPGE）。
实际上，这版初始设计（只支持按word访问）反响很差。在第二版 Alpha 芯片（21164A）开始，字节和半字读写就加入了指令集中。
剩余的特有指令
- PAL码： 为了提供 VAX 微指令操作， Alpha 提供了一个关闭中断和虚拟地址映射的特权模式。 PAL（特权指令库）可以用作TLB管理，内存原子操作，以及操作系统原语。用CALL_PAL指令来调用PAL码。
- 没有除法： 不支持整数的除法
- 不对齐读写： LDQ_U 和 STQ_U 直接忽略地址的第3位，读写64位数据。然后通过提取指令来提取不对齐的word。这些指令与MIPS的LWL/R， SWL/R相似。
- 单精度浮点表示为双精度浮点： 单精度浮点以32位的格式保存在内存中，但是当读取到寄存器中时，会自动转换为64位。
- 浮点寄存器 F31 固定为0： 为了方便跟0做比较。
- VAX 浮点格式： 为了兼容 VAX 体系结构，在 IEEE 754 单精度和双精度格式外（称作S和T）， Alpha还支持 VAX 单精度和双精度（称作F和G）。
- bit计数指令： 第三版体系结构添加了计算前导0（CTLZ）, 计算尾部0（CTTZ），以及一个word中1的个数的指令（CTPOP）。这些指令最早出现在Cray计算机上面，用于加解密。
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