基因组-没有参考基因组，如何完成基因克隆？

分子生物学相关的实验，我做的不多，只是会简单的DNA和RNA提取，跑q，基因克隆等有限的技术。
目前，主要还是以生物信息学为主。
最近，在做一个中草药基因组，就不禁有一个疑问，如果一个物种没有参考基因组，我们怎么设计引物？怎样了解此物种的基因功能呢？

目前来说，我认为 de novo transcriptome 是最为高效的一种方式。

基本流程如下：
（1）转录组文库构建及上机测序（公司完成）
（2）raw reads 质控过滤
（3）组装和拼接

contig---scaffold
contig50:达到contig总长度的50%时，最后一个加上的contig长度（contig从长到带短排序）
scaffold50类似contig50定义。

（4）全长转录本分析
（5）ORF结构预测
（6）Unigene功能注释
上述步骤，简述了一个整体的流程，具体用到的软件或者脚本不一一列出。