测序范围的区别：

全外显子测序测（WEG）

是所有的能被探针捕获到的外显子区域，在IGV上面能看到reads都是覆盖到外显子及其侧翼区域。

分析要点

就是哪些已知的外显子覆盖度不够好，是探针捕获失败还是样本本身变异呢？外显子的哪些区域跟参考基因组序列不一样呢？

转录组测序测

是能被转录的区域，不需要是已知的外显子，而且reads是可以跨越外显子比对的！所以分析要点是哪些外显子被连接起来了？每个外显子都被覆盖了吗？

ChIP-seq

测的是目标蛋白结合的DNA序列，取决于目标蛋白的结合能力，所以它的分析要点就是这些DNA序列在基因组的位置。

测序深度的区别：

全外显子测序的测序

深度在大部分区域都是均匀的(反应捕获效果，或者拷贝数变异)；
转录组测序一定是不均匀的，一外显子为单位的不均匀(反应表达量差异)；

染色质免疫共沉淀测序

的测序深度也是不均匀的，以每个碱基为单位的不均匀(反应蛋白结合位点)；

看图解释

image.png

只显示了STAT3基因区域的reads覆盖情况。

ChIP-seq数据

首先，测序深度都不高，而且测序深度极度的不稳定，深浅不一；其次，整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。

RNA-seq数据

可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的，非常exon和intron的间隔非常明显，因为是PE测序，还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度，STAT3基因的大部分exon都是等深度的，但是STAT3基因与其它基因的测序深度就不一样了，这个图没办法显示那么多。

WES测序

可以看到也是主要覆盖exon区域，但是跟intron区别是没那么整齐的分割线了，因为exon是探针捕获富集的，那么会把exon的侧翼区域也部分捕获，测序深度会由exon往intron递减。

WGS测序

理论是它应该是全基因组覆盖，而且测序深度非常稳定，但是实际上，测序深度还部分由GC含量，扩增随机性影响。

作者：oddxix
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来源：简书
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