HTSeq: htseq-count

https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/78257714
https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html

1. 将.sam按照read name进行排序，并输出为.bam

samtools sort -n -o output_name.bam -O bam input_name.sam

samtools 会自动识别输入文件的格式，这里可以是.sam或者.bam

• 1. -n : 按照序列名进行排序
• 2. -o : 后跟输出文件的名称，如果缺乏此参数则输出到标准输出
• 3. -O : 规定输出格式
• 4. input_name.bam : 输入文件的文件名

2. 用htseq-count对比对文件进行计数(htseq-count)

htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union input.bam path/gtf > counts.txt