TRUmiCount

Motivation

使用下一代测序(NGS)进行分子计数存在PCR扩增偏倚，这降低了许多基于NGS的定量实验方法(如RNA-Seq)的准确性。这是真的,即使分子是由之前使用独特的分子标识符(umi)的PCR扩增,和不同的umi计算而不是写着:分子失去完全测序过程中仍然会导致低估的分子数,并放大构件(如PCR嵌合体创建幻影umi从而导致高估。

Result

我们引入了TRUmiCount算法来纠正这两种类型的错误。TRUmiCount算法基于PCR扩增和测序的力学模型，PCR效率和测序深度这两个参数具有直接的物理解释，无需校准实验或插入即可从实验数据中估算出来。我们展示了我们的模型捕获了扩增和测序的主要随机特性，它允许我们过滤掉幻像UMIs，并估计测序过程中丢失的分子数量。最后，我们证明了由TRUmiCount计算的经过数字滤波和损失校正的分子计数可以测量真实的分子数量，其准确度远远高于不同UMIs的原始数量，即使大多数UMIs仅按单细胞RNA-Seq的典型顺序测序一次。