学R的时候没有做思维导图，只是列出目前已学的R语言语法，方便自己复制==，语法包括如下：
- 建立Rstudy为工作路径
setwd("F:/Rstudy") - 显示工作路径
getwd() - 显示文件列表，如下两个命令均可。直接打命令不跟路径会显示默认路径的文件列表。
list.files()
dir()
- 计算
1+2，回车 - 函数，例如求和
sum(1,2,3,4,5) - ls和str
ls() #列出变量名
str(a) #打出变量a的具体信息
ls.str() #等于ls()和str()的组合
- 赋值符号：<-
如果一个变量，如X被连续赋值好几次，以最后一次赋值为准 - 删除
a <-3
b <-2
c <-4
rm(a)
rm(b,c)#一次性删除多个，另种做法是rm(list = "b","c")
- 列出历史记录
history()#列出一堆
history()#只列出最近10条 - 清空屏幕
ctrl+1 - 保存工作空间
save.image -
R语言重要的两个数据类型
向量：由元素构成，元素可以是数字或者字符串，有序排列
数据框：即表格 - 几种赋值向量的方法
a <- c(1, 2, 3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
a <- (1: 10) #从1-10之间所有的整数
a <- seq(1, 10, by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
a <- rep(1: 3, times = 2) #1-3 重复2次
- 从向量中提取元素
*根据元素位置
a[4] #x第4个元素
a[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
a[2: 4]#第2到4个元素
a[-(2:4)]#除了……
a[c(1, 5)] #第1个和第5个元素
*根据值的大小
a[a == 10]#等于10的元素
a[a < 0]
a[a %in% c(1, 2, 5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
- 读取本地数据框的数据
(1)设置行名和列名
colnames(X)[1] <- "bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X <- read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
(2)数据框的导出
write.table(X,file = "qingyu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号
(3)变量的保存和重新加载
#保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令
(4)提取元素
X仅为某变量名，要懂得实际操作中自己替换
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列
(5)直接使用数据框中的变量
例：提取两列作散点图
c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
> plot(c$case,c$values)
其他方法：
方法一 attach
-将数据框名添加到搜索环境中：attach（c）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。
attach(c)
plot(case,values)
-做完后将c删除出搜索环境 detach（c）
-局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。
方法二 with
with(c,{
+ plot(case,values)
x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，y也就是出了with循环仍有效。
})
x #运行完后打印x
参考：生信星球第九期Day5生信入门班教程
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