首发自公z号:小汪Waud
今天给大家推荐一个免费开源的化学分子式工具箱———MolView[1],不管是用来做ppt汇报还是用于学习了解化学分子式的三维结构,都非常好用。
Github:https://github.com/molview
帮助文档:https://molview.org/docs/manual.pdf
简介
MolView是一款免费开源的化学分子式编辑、查看、绘制工具,其中包含了化合物、蛋白质、光谱数据库等,用户可以轻松绘制想要的分子式,同时支持2D和3D效果图。
最新的版本发布于2015年7月MolView由两个主要部分组成,结构公式编辑器和3D模型查看器。结构公式编辑器周围有三个工具栏。一旦绘制或输入了一个分子,即可单击2D to 3D按钮将分子转换为3D模型,并显示在3D模型查看器中。
顶部工具栏
通过顶部工具栏我们可以对画布和图形进行操作,如清除画图、添加/删除原子/键、移动原子、2D转3D等。
Top toolbar左侧工具栏
左侧工具栏可以选择键合类型(单键、双键、三键、上键、下键),添加或修改键;直接添加特殊结构如苯、环丙烷等;创造碳原子链以及增加减少原子的电荷等。
Left toolbar右侧工具栏
在右侧工具栏中可以从多个元素中进行选择,也可以使用最后一个按钮从元素周期表中选择一个元素来创建新原子或修改现有原子。
Right toolbar Periodic TableTools
Tools菜单包含几个实用程序功能如下。
Link
用户可以使用提供的URL或HTML代码共享特定的化合物、高分子或晶体。
Export
该工具的导出形式多种多样,包括:
- 结构公式图(PNG)
- 3D模型图(PNG)
- SDF文件:3D模型中的MDL Molfile文件(仅支持常见分子)
- PDB文件:3D模型中的蛋白质数据库文件
- CIF文件:3D模型中的晶体信息文件
Chemical Data
Chemical Data包括Information card、Spectroscopy(不是所有的分子都有)和PubChem source三部分。
Information card PubChem sourceAdvanced Search
这些选项允许用户使用结构公式在PubChem数据库中进行一些高级搜索。
- 相似性搜索:搜索结构式相似的化合物
- 子结构搜索:搜索当前结构为子集的化合物
- 超结构搜索:搜索当前结构为超集的化合物
演示
查看现有的分子
我们以水杨酸(Salicylic acid)为例,在搜索栏输入其英文进行检索,再点击转换即可查看其3D模型。
目前支持三大数据库:
- PubChem
- The RCSB Protein Data Bank
- The Crystallography Open Database
自定义分子
我们也可以根据前面提到的工具栏自己选择原子和键进行组合,但有一个前提是基于其数据库,太天马行空系统会报错。
动态演示
既然我们现在已经有了分子的3D结构,我们再结合 ScreenToGif[2]就可以生成动态的3D结构图。
ScreenToGif把这样的动态图添加到PPT上,一定会让你的Pre锦上添花!
参考资料
[1]MolView: https://molview.org/
[2]ScreenToGif: https://www.screentogif.com/
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