微生物的培养也是人类文明发展历史上的重要组成部分。事实上细菌的数量远比我们想象的要多得多，在人体内细菌的细胞数量是人体细胞的10倍，所以我们携带的大部分DNA其实是细菌的DNA，而不是人类的。这其实是一个非常有趣的话题，人类的身体只是几百个物种组成的共生群体，事实上我们对细菌的了解越多越会发现有意识地补充体内微生物是非常重要的。
事实上只有1%的细菌会对身心造成健康威胁，但是我们在大量使用抗生素的时候其实也在与剩下的99%对抗。这样做显然破坏了菌群的生态环境，对健康不利，所以经常使用带有活性的发酵食物不仅有利于健康，而且是必须的。而且食物中的有些细菌，本来就是为了保证食物的安全与健康。在罐头食品和冰箱问世之前，人们给食物保鲜中用到最多的就是发酵的方法。
20世纪80年代，在斐济发现了一个废弃的发酵窖池，已经有300多年的历史。里面还有一些面包谷变成了酸臭的糊装，但是仍处于可食用状况。世界各地很多地方都会用窖池发酵的方法，在匈牙利，波兰和中国的一些地区会把整颗卷心菜放入地窖发酵。南太平洋地区，人们会把木薯芋头等高淀粉含量的块茎蔬菜埋到窖池中，周围铺上香蕉叶。因纽特人会把鱼埋到北极的冻原中。冰岛人会把鲨鱼肉埋在地下，直到几个星期后成为一种有着漂亮纹理类似奶酪的美食，在当地极受欢迎。虽然有人觉得窖池发酵原始而不卫生，但其实跟埋在地下或者在洞穴中发酵成熟的奶酪没有太多的区别。当然现在有各种各样的发酵罐可以供人选择。
事实上在食品加工过程中发酵食品的比例已经占到1/3。这一生产加工过程对食物产生了巨大的作用。人们熟悉的火腿，腌肉，咖啡，巧克力，香草精，面包，乳酪果酒，啤酒，酸奶，番茄酱，以及大部分佐料都依赖发酵技术。通常发酵过的食物口感比较重，可以最大程度上勾起人们的食欲。而且这些方法都是长期总结出来的经验和食物共存的细菌或者真菌也是经过反复甄选得到的。当然微生物具有很强的地域性，所以有些菌株在其他地方就无法存活。这也让发酵食物有了自己的风味特色。许多人会思念家乡的味道，很大程度就来源于这独特的风味。
康奈尔大学的微生物学家，发酵专家施泰因·克劳斯曾经做过一项全球范围内的发酵食物调查。它将发酵食物分为乳酸发酵和碱性发酵两种。前者比较著名的有德国泡菜炖牛肉卷，腌制蔬菜，中国腌菜，马来西亚榴莲酱，韩国泡菜，埃及犹太烤香肠，墨西哥玉米肉汤，印度蒸米饼和鹰嘴豆发糕，菲律宾年糕，斯里兰卡薄煎饼还有各种酸奶和奶酪等。
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