DESeq2常常用于RNA-Seq数据分析,也有用于微生物组数据分析的。DESeq可以直接处理FPKM、FTPM、TPM及CPM数据，在处理微生物数据时用OTU数据。
本贴就简单说说DESeq2是如何校正数据的。

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假设有2个样本，6个基因：

样本信息

可以发现每个基因在样本2中的表达量都是样本1中的2倍。这个很可能不是由于样本本身的生物学因素引起的，而是由于测序的深度等影响的。需要对样本基因的表达量进行校正。

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Step1：取对数值

假设有如下的基因表达情况：

先对每个表达量取以e为底数的对数：

Step2：求每个基因表达量的均值

对每个基因（没行）求均值：

Step3：筛选表达量非零的基因

基因A在取对数值后出现负无穷大，所以将这个基因暂时剔除。

Step4：求表达量的中位数

求出每个样本基因表达的中位数：

Step5：求出scaleing factor

根据公式求出每个样本基因表达量的scaleing factor。

Step6：每个表达量的值除以scaleing factor

将每个样品中每个基因的表达量除以样品对应的scaleing factor即可。

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参考文献

[1] EDWARDS J, JOHNSON C, SANTOS-MEDELLíN C et al. Structure, variation, and assembly of the root-associated microbiomes of rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015: 112: E911-E920.

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致谢：感谢StatQuest视频栏目。