萨穆埃尔·哈默施拉格符合尽善尽美的标准。弗洛伊德本人承认，他们的关系、他们“秘密的契合”，亲密到 “他总是把我当成他的儿子。”弗洛伊德为这一父辈朋友所写的讣告，必须与他大约十年后纪念其中学五十周年校庆的随笔共读，哈默施拉格正是他的中学老师。弗洛伊德写道，对所有的学生来说，老师的人格比他所教的学科更重要；甚至对许多人而言，“通往科学的道路只能由我们的老师来带领。”简而言之，这样的男人“成了我们的替代父亲。”弗洛伊德指出学生对此种替代的矛盾心理，但对哈默施拉格他从未显露出负面感受。
而对奥利弗·克伦威尔，弗洛伊德的负面感受有所显露。“奥利弗”也揭示了弗洛伊德为了与亲生父亲和解所付出的长期努力。传记作者经常注意到弗洛伊德对过往伟人的认同——汉尼拔、莱昂纳多、歌德。奥利弗·克伦威尔位列其中，部分原因是他允许犹太人再到英国居住。这一决定符合信仰《旧约》的清教徒的逻辑，但在上年纪的反犹太基督徒看来，它是大胆的行径。克伦威尔的举措与雅各布·弗洛伊德形成了鲜明的对比；雅各布是不是如同他曾经对失望的儿子承认的那样，温顺地从水沟里捡起那顶被反犹太者粗鲁打落的帽子？这件事困扰了弗洛伊德多年；他在难忘的英国之旅中和他同父异母的哥哥讨论了这个问题，并发现这件事萦绕在他的梦中。事情不止于此。1882年8月16日，弗洛伊德写信给未婚妻，罕见地明确提到克伦威尔，谈及自己“痛求独立”，这一愿望使人想起他幻想的英国 ，“它有着清醒的勤奋态度，致力于公共福利，居民对正义表现出刚毅和敏锐……”。这表明，七年前游览英国的“无可磨灭的印象”对他生活有着“极为关键的影响”，如今让他重拾“英国的历史以及我真正的老师们（他们都是英国人或苏格兰人）的作品。”对弗洛伊德而言，英国过去“最有趣的历史时期”是“清教徒和奥利弗·克伦威尔的统治时期，拥有失乐园般的崇高典范。”英国教给弗洛伊德的东西不仅来自克伦威尔——达尔文、先前苏格兰启蒙运动哲学家以及牛顿，都是弗洛伊德智识的祖先。而克伦威尔富有的持重勤勉、忠于职守以及相关的能力，正是雅各布·弗洛伊德短缺的。克伦威尔——值得一提的是——曾是一个弑君者，一个不情愿的弑君者，而一旦他相信自己迫不得已，处死查理一世就势在必行。克伦威尔时代的“崇高典范”，宛如失乐园，其实是一个大叛乱故事，也是所有反叛的原型：儿童反叛他们的父亲。亚当和夏娃违抗命令之后被驱逐出了幼稚幸福的伊甸园，掷入现实世界；他们自我主张的不孝行为迫使他们成为完全的人类。在复杂的“他不曾活过之梦”中，弗洛伊德发现自己在扮演布鲁特斯——历史上最声名狼藉的弑君者之一，这难道是意外吗？“说来奇怪，”弗洛伊德在梦的解析中回忆，“我曾经真的演过布鲁特斯”——在14岁的时候，而且似乎带着某种愤怒的信念。弗洛伊德写道，“说来奇怪。”但是真的奇怪吗，他做的梦只是意外？弗洛伊德揭示，精神世界里没有无缘无故的意外，因此，他也不例外。弗洛伊德选择“奥利弗”这个名字可能是多因素决定的，它暗中批判他深爱的、无能的父亲，隐藏着对父亲深深压抑的敌意。
在弗洛伊德对精神分析体系来之不易的洞察逐渐形成的那些年里，他与父亲的矛盾关系占据着他。他几乎是自觉地成了约瑟夫，对他的父亲耿耿于怀；他生活中有很多名叫约瑟夫的朋友，而在《梦的解析》中他指出，他认同《圣经》中的约瑟夫。就像《旧约》中的约瑟夫一样，弗洛伊德是他父亲最后一位妻子的孩子，也是最喜欢的孩子；他像约瑟夫一样，有着骄傲的幻想并为之受苦；最重要的是，他先是声名狼藉，然后作为梦的解析者名满天下。而他父亲叫雅各布。
19世纪90年代晚期，当弗洛伊德创作他的第一部杰作时，他开始发现他对父亲的敌意。他的传记作者们着眼于19世纪90年代后五年。但是前十年对于弗洛伊德的传记意义重大。在那些年里，他建立了一个幸福的家庭，一个最终有六个孩子的大家庭——对弗洛伊德的崇高幻想而言，这是个他绝不鄙夷的布尔乔亚式成就。在那十年里，他建立了自己的私人诊所，出版了第一本书，这本论失语症的书引述广泛；他还在与著名的布洛伊尔合作另一本书，他自信这本书将具有开创性的意义。他将激进的创新引入治疗技术中，并逐渐意识到他脑海里隐含的划时代发现。他倾听自己，这前无古人；1895年，他开始一种自我分析，尽管他还没有这样称呼它。1895年7月，弗洛伊德的妻子怀上了最后一个孩子，他梦见了精神分析的“梦之范本”，第一个他充分解析的梦，即著名的“伊尔玛的注射”。
与此同时，他的一些导师——他最喜欢的代理父亲们——正在死去。布吕克在1892年去世，沙可在1893年去世，而他的朋友兼合作者布洛伊尔，作为情感支持的来源和科学合作伙伴，以另一种方式离他而去。
这些死亡——两个肉体上的，一个精神上的——对弗洛伊德来说是很难消化的；他给儿子起名埃内斯特来哀悼埃内斯特·布吕克，以简洁而充满爱的讣告哀悼让-马丁·沙可。弗洛伊德与约瑟夫·布洛伊尔长期友谊的冷却是另一个问题，有助于说明弗洛伊德后来为了与父辈人物分离所作的更大努力。1887年，当他以布洛伊尔妻子之名给第一个孩子取名为玛蒂尔德时，弗洛伊德是一个年轻的医生，有一个小的诊所，依靠布洛伊尔的同情、病人和金钱。19世纪90年代初，两人合作后来1893年发表的《初步交流》，它两年后成了他们合著的书《癔症研究》，因为弗洛伊德自信的癔症病理性欲假说，两位科学家越来越疏远。布洛伊尔和他多情的病人安娜·O小姐，在某种意义上为精神分析奠定了基石，弗洛伊德是从布洛伊尔的案例得出了结论，勇气来自布洛伊尔的经验。而当他们的观点呈现给维也纳医学界，布洛伊尔拒绝跟随弗洛伊德的假说。这足够使亲密关系冷却了。但是，如同欧内斯特·琼斯的正确观察，大约1896年开始，弗洛伊德在与弗利斯的亲切通信中，对他先前的楷模朋友布洛伊尔愤怒地、经常不公正地吹毛求疵，这一定是有更深层的、完全无意识的缘由。
那些年里，弗洛伊德试图处理他对父亲的矛盾情感。我们知道，这种矛盾情感由来已久，早在他十岁的时候就导致了另一项命名行为，如果把它算作命名的话：家人让年幼的西格蒙德·弗洛伊德为他最小的弟弟起名，十岁的男孩想出了“亚历山大”。这自以为是又谨慎小心。亚历山大比起他的父亲菲利普是个更伟大的统治者，而历史上著名的征服者亚历山大是年幼的西格蒙德·弗洛伊德可以坚定认同的一个人物。但是，菲利普本身也是一个强有力的君主。因此，弗洛伊德可以打败父亲而又不羞辱父亲：两个愿望都得到了满足——或者说，一个雄心勃勃的愿望被圆滑地伪装了。
但在90年代中期，弗洛伊德需要更强的性格。“很明显，”琼斯评论说，“弗洛伊德现在怨恨背负着感激布洛伊尔的旧债，这份债务部分可以用实在的金钱来估算”，而金钱——自不必说——在心智中代表着许多深层和重要的事情。1898年初，弗洛伊德似乎“首次尝试分期付款偿还布洛伊尔”。但是布洛伊尔 “他可能不愿意收回长期以来一直视作礼物的东西，认为它抵消了弗洛伊德照顾他的一个亲戚。弗洛伊德似乎将其解释为在维持原有的监护，而对布洛伊尔的回应深恶痛绝。”没有比孝顺更难解除的束缚，也没有比被一位慷慨父亲逼迫更残酷的感觉。但是如同弗洛伊德通常那样——也如同其他所有人——弗洛伊德对布洛伊尔的感情绝不仅仅是单一的。毫无疑问，在19世纪90年代中期，在他划时代发现的边缘，在伟大的边缘，弗洛伊德孤身一人；他对弗利斯的依赖是孤独的一种症状，也是应对之策。
这些年里，弗洛伊德感到暗地与父亲的斗争首要且痛苦。父亲在他心里曾经、接着、甚至（也许特别是）到他提出精神分析原理的十年里究竟有多少分量，从他在《梦的解析》中愿意公开的梦里可以看出。乔治·马尔博士在一个精巧的选集里说明，这些梦反复透露出崇拜、叛逆、同情、内疚、凶残的愤怒，以及安慰父亲和杀死他的愿望。我们都知道弗洛伊德的感人宣言，《梦的解析》是他自我分析的一部分，是对“父亲之死——一个男人生命中最重要的事件、最沉痛的损失”的一种反应。但并不是雅各布·弗洛伊德之死让他第一次参与精神分析的历史。雅各布早就参与其中，就在西格蒙德·弗洛伊德正在成为自己的时候。正如前文提及，一个人为自己的孩子命名是角色的反转，他对孩子所做的，就是很久以前其他人对无助婴儿的他所做的事。弗洛伊德的六个孩子及名字记载了弗洛伊德的新角色，如他所说，这令他心满意足。弗洛伊德的一些学生认为，当他在世界上找到了自己的位置，他解除了对亲生父亲的认同，转而认同精神和科学上的父亲。按照这个似乎合理的观点，他没有独立，只是支配者发生了变化。
还有另一种方法解读他孩子的名字。承担新角色意味着抛弃，或者至少显著地弱化了旧角色。这些名字反映了他希望摆脱过去的监护人，不再扮演父亲的孝顺儿子，当他的自我认知、自我意识增长时——也就是说，从儿子变为父亲——他想要在世界舞台上找到更适合自己的角色。我认为，把弗洛伊德内化的更迭看作一项有节奏且越来越自信地放开旧联系、锻造新关系的进程，这是恰当的。“内化”的充分有迹可循，正如汉斯·勒瓦尔德所说，“从客体解放出来。”1914年，成熟的弗洛伊德自远方回望这项进程，指出它的意义，他写道，“与父亲的分离决定了新一代人希望的和讨厌的每一件事情”。他的分离，是摆脱了生为雅各布·弗洛伊德的儿子而有的认同和客体选择，取而代之的是自由选择客体和认同的对象——亲爱的朋友、敬仰的老师和同事。从这个角度来看，弗洛伊德六个孩子的名字记录了他对内心自由的英雄式、历史性的追求，我认为，自由是他的发现的重要前提。而这些名字将他的犹太性置于更大的背景中。
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