MultiQC软件的安装运行及对数据质量做出评价

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
sudo python get-pip.py

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pip install multiqc

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检查是否正常安装

multiqc

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在NCBI中寻找两条序列
利用prefetch下载此序列

prefetch SRR5987926
prefetch SRR5987998

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转为fastqc的格式

cd ~/ncbi/public/sra
fastq-dump --split-files SRR5987926.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR5987926.sra
fastq-dump --split-files SRR5987998.sra
fastq-dump --gzip --split-files SRR5987998.sra

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用fastqc分析

fastqc SRR5987926_1.fastq.gz SRR5987926_2.fastq.gz SRR5987998_1.fastq.gz SRR5987998_2.fastq.gz

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使用multiqc

multiqc.

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查看结果

22222222222222222.png