大脑的状态会通过自律神经和激素反映到身体上。如果大脑积累了太多疲劳后，身体的一部分也会开始疲劳，甚至是疼痛。
在进行正念时，能够控制疼痛的前扣带皮层和岛叶的活动量会增加，而负责管理身体感觉的感觉区活动量则会降低。一般认为，这是冥想对缓解疼痛有效的短期机制。
但其实，对于有经验的冥想者来说，其前额叶的活动量会降低，岛叶和感觉区的活动量反而会增加。对长期实行正念者的大脑不是由前额叶来有意识地控制疼痛，而是能够接纳疼痛本身，并加以处理。
如前文提到的，有经验的冥想者在应对焦虑情绪时，不是从前额叶由上而下地抑制杏仁核，而是让两者产生平衡。同理，在应对疼痛时，他们也会实现这种状态。
扫描全身法
1. 平躺并关注自己的呼吸
如果没有躺平的环境，也可以坐在椅子上进行
有意识地关注呼吸时腹部的上下起伏变化
2. 将注意力集中在左脚尖
脚接触鞋子或者袜子的触感如何
脚趾与脚趾之间的触感如何
3. 扫描全身法
从左脚尖开始“扫描”全身
吸气时，设想空气从鼻腔进入，流经全身后进入左脚尖
吐气时，设想聚集在左脚尖的空气，流经全身，从鼻腔呼出
4. 全身各个部位都可以这么做
从左脚尖到左大腿的扫描结束后，可以从右脚、右手、左手和腹部等其他部位开始扫描全身
观察有痛感的身体部位，并“扫描”这一部位
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