序列比对和序列特征分析总目录

1 DNA序列组分分析

DNA的物理化学性质主要由碱基组成决定，有两种方法表示：碱基比例base ratio和GC百分含量简称GC含量GC content

原核生物的GC含量介于25%到75%之间，据此可以识别菌种。
真核生物的GC含量不如原核明显，但基因组不同区域的GC含量存在差异。
GC含量与没密码子使用频率有关，还影响DNA的解链温度。

可以用以下两个在线工具分析DNA序列组成，同时这两个网站还有其他功能。分别是

BioEdit

BioEdit功能十分强大，组成分析只是其中一个小的功能

DNAMAN

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BioEdit实例：

BioEdit
Result

2 DNA序列转换

因为DNA序列有双链性，双链互补性及ORF在两条链上存在的特性，所以进行序列分析时，经常要对DNA进行格式转换，比如反向序列，互补序列，反向互补序列，显示DNA双链，转换为RNA等。
软件有

• DNASTAR 核酸和蛋白质序列的综合分析工具

• BioEdit

• DNAMAN等。