4️⃣ 核酸序列特征分析(0):DNA序列基本信息分析(组分分析

作者: Y大宽 | 来源:发表于2019-01-26 10:20 被阅读69次

4️⃣ 核酸序列特征分析(0):DNA序列基本信息分析(组分分析
4️⃣ 核酸序列特征分析(1):开放阅读框识别
1️⃣ 序列获取(1)：DNA序列获取
3️⃣ 多序列比对(1):简介
4️⃣ 核酸序列特征分析(3):启动子及转录因子结合位点预测和转
TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析
4️⃣ 核酸（蛋白）序列特征分析(5):序列motif的查找和可
2️⃣ 双序列比对(1)：算法及数据库
深度学习第10次作业机器学习循环序列模型
4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找

序列比对和序列特征分析总目录

1 DNA序列组分分析

DNA的物理化学性质主要由碱基组成决定，有两种方法表示：碱基比例base ratio和GC百分含量简称GC含量GC content

原核生物的GC含量介于25%到75%之间，据此可以识别菌种。
真核生物的GC含量不如原核明显，但基因组不同区域的GC含量存在差异。
GC含量与没密码子使用频率有关，还影响DNA的解链温度。

可以用以下两个在线工具分析DNA序列组成，同时这两个网站还有其他功能。分别是

BioEdit

BioEdit功能十分强大，组成分析只是其中一个小的功能

DNAMAN

BioEdit实例：

BioEdit

Result

2 DNA序列转换

因为DNA序列有双链性，双链互补性及ORF在两条链上存在的特性，所以进行序列分析时，经常要对DNA进行格式转换，比如反向序列，互补序列，反向互补序列，显示DNA双链，转换为RNA等。
软件有

DNASTAR 核酸和蛋白质序列的综合分析工具
BioEdit
DNAMAN等。

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1 DNA序列组分分析

可以用以下两个在线工具分析DNA序列组成，同时这两个网站还有其他功能。分别是

BioEdit

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BioEdit实例：

2 DNA序列转换

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